Чтобы защититься от нападений захватчиков, Арль превращается со своими стенами в крепость. В период раннего средневековья город был разрушен и опустошен во время войн, а также эпидемий чумы. При нашествии сарацинов, арлизианцы скрывались за античными стенами города, Амфитеатр был переоборудован в крепость. В конце 6 века, с приходом мирного времени и безопасности, город начинает расширяться и процветать. Появляются новые кварталы такие как : Вьё Бур - в наши дни ла Рокет, Бур Нёф и Кавалери. В 17 веке были возведены церковь Св. Трофима, здания «сanoniaux» вокруг монастыря. В разгар экономического подъёма, Арль принимает пелериков, которые направляются к Св. Жаку Компостелю по «via Tolosana», по так называемому пути в Арль или по дороге в Арль. Некрополь Алискан стал одним из самых больших христианских кладбищ. Городской пейзаж с окружающими город стенами в 18 веке практически не подвергся изменениям впредь до современной эпохи. В начале 16 века, Арль с 10 000 жителями являлся 2-ым городом графства Прованса после Марселя.