侵略者に抗戦するためにアルルの城壁は要塞となった。
中世初期、町は戦争とペストの流行で荒廃した。サラセン人の侵略を前にアルル人は都市の古代城壁の後方に逃れた。円形闘技場は要塞となった。
10世紀末、平和と安心感の戻った町は拡大していく。現在のラ・ロケット地区である"旧市街"、"新市街"、ラ・カヴァルリといった新しい地区が現れる。
サン・トロフィーム教会や教会法にかなったキリスト教関係の建物が回廊の周りに建てられたのは12世紀のことである。経済的発展の真っただ中であったアルルはトロサナ街道経由でサン・ジャック・コンポステル街道へと向かうキリスト教の巡礼者たちを迎え入れていた。アルル街道、アルルの道とも呼ばれている。
アリスカン墓地は西欧でもっとも重要なキリスト教墓地の一つとなった。
このように13世紀までに町を取り囲む城壁によってかたどられていた都市の街並みは、現代までほとんど変化を被ることはなかった。16世紀はじめ、住民1万人のアルルはマルセイユに続きプロヴァンスで第二の都市であった。